通常多肽的書寫有兩種形式，單字母形式和三字母形式，不管是哪一種形式，所表達的多肽結構都是唯一的，這樣避免出現分歧。另外國際上統一規定：多肽的N端（氮端）在最左邊，多肽的C端（碳端）在最右邊。
一、多肽的單字母書寫形式
什么叫單字母？
顧名思義就是一個字母代表一個氨基酸，通常用大寫字母表示，如A代表丙氨酸、C代表半胱氨酸。如果是小寫的話，代表對應氨基酸是D型的，如小寫字母a代表D型丙氨酸、小寫字母c代表D型半胱氨酸。
多肽單字母書寫舉例
1，多肽1序列: AGYFKVCM，共8個氨基酸，所有字母均是大寫，說明所有的氨基酸均是天然存在的L型氨基酸。
2，多肽2序列：AGYFkvcm，共8個氨基酸，右邊（C端）的四個氨基酸是小寫，說明對應的四種氨基酸是和L型對稱的D型氨基酸。
3，多肽1序列AGYFKVCM 也可以寫成H-AGYFKVCM-OH，左邊的H- 代表N端的氨基，可以寫出來，也可以省略。右邊的-OH 代表C端的羧基，同樣可以寫出來，也可以省略。不過通常為了美觀整齊，H-和-OH同時寫或同時不寫。
4，多肽3序列：AGYFKVCM-NH2，與多肽1的區別是，右邊多了-NH2，代表著C端酰胺化。
二、多肽的三字母書寫形式
什么叫三字母？
顧名思義就是三個字母代表一個氨基酸，并且三字母和前面提到的單字母是一一對應關系。三個字母中，第一個字母大寫，第二和第三個字母小寫，如Ala 也是代表丙氨酸、Cys代表半胱氨酸。
多肽三字母書寫舉例
1，多肽1序列對應的三字母書寫為：H-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH，左側“H”可以寫為“H2N”，右側“OH”可以寫為“COOH”。
2，多肽3序列對應的三字母書寫為：H-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-NH2，C端酰胺化，左側“H”可以寫為“H2N”，右側“NH2”可以寫為“CONH2”。
三、特殊氨基酸書寫，下面介紹幾個常見的書寫。
1，N端封端的書寫，通常是乙酰封端，寫法為Ac-Ala-Gly-Tyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH.
2， 磷酸化氨基酸的書寫，H-Ala-Gly-pTyr-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH，AG-pY-FKVCM、H-Ala-Gly-Tyr(PO3H2)-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH，數字3和2 可以下標。
3，D型氨基酸的書寫，單字母通常用小寫表述，如多肽1中F變成對應的D型，
4，舉例：
單字母：AGYfKVCM
三字母：H-Ala-Gly-Tyr-D-Phe-Lys-Val-Cys-Met-OH
